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Xcode6にてStoryBoardかつAuto LayoutでConstraintsの値を0に設定してもマージンが取られてしまい、
このように空白が空いてしまうことがあります（ここではWebViewで説明）。マージンに対してConstraintsが設定できるようになったのが原因です。通常は不要かと思いますので無効にします。
上記はStoryboardでのConstraints設定時にマージン制約を無効にする方法です。Constrain to marginsのチェックを外せば無効になります。
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このマージンは
Relative to marginのチェックを外すことによっても削除できます。
チェックを外した状態です。
このようにConstraints設定時にマージン制約を無効するか、Relative to marginのチェック有無で制御を行いますが、動的にConstraintsの値で調整することも可能です。