この記事は公開されてから1年以上経過しています。情報が古い可能性がありますので十分ご注意ください。
それは、何らかの理由でgitの管理対象から外れてしまった（ている）ファイルです。
Terminalからコマンドで紐付けても良いですが、ここではXcode上で対処する方法を載せます。
当該ファイルを選択した状態でInspectorの[Source Control]->[Current Branch Master]のStatus欄を見ると、Unversionedになっていると思いますので、直ぐ横にあるAddボタンを押下して管理対象に追加します。
[adsense]
StatusがAddedに変わり、ファイルの横にAが表示されればOKです。