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AppleWatchは単体では動きませんので、母艦となるアプリ（＝プロジェクト）にWatchKit Appをターゲットとして追加する必要があります。その手順は以下となります。なお、AppleWatchと連携できるのは現時点（2015/04/05）でiPhoneのみですが、Universal形式で生成されたプロジェクトをベースにしても問題ないようです。
■事前条件
・Mac OS X 10.10.2 （Yosemite）
・Xcode Version 6.2 (6C131e)
■手順
(1) WatchKitを追加するプロジェクトを開く
(2) WatchKit Appをターゲットとして追加
[File]->[Target…]を選択し、
[iOS]->[Apple Watch]を選択し、テンプレート[WatchKit App]が選択されている状態でNextボタンを押下し、
必要に応じてオプションを変更し、Finishボタンを押下します。
なお、このタイミングで初回or再表示する設定時のみ「Activate ” ◯◯◯ WatchKit App” scheme?」のようにスキーム追加確認のダイアログが表示されますが、Activateボタン押下で続行します。
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(3) 正しく追加されているか確認
これで準備完了です。