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Target ‘Pods’ of project ‘Pods’ was rejected as an implicit dependency for ‘libPods.a’ because its architectures ‘arm64’ didn’t contain all required architectures ‘armv7 arm64 armv7s’
しばらく触っていなかったプロジェクトをXcode7でリビルドしたら上記のエラーになりました。
エラー文を読んでの通り、「armv7 arm64 armv7sでのビルドを想定しているのにPods側のプロジェクトはarm64でのビルドになっているためライブラリをリンクできない」という指摘のようです。ArchitecturesやValid Architecturesの設定は正しいのにこのエラーになる場合は、Build Active Architecture Onlyの値が悪さしている可能性があります。
■環境
・Mac OSX Yosemite 10.10.5（14F27）
・Xcode Version 7.0 (7A220)
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■解決方法
Podsプロジェクトの設定画面を開き、TARGETではなくPROJECT側のBuild Active Architecture OnlyのDebug側をYESからNOに変更してリビルド。これでエラーは出なくなるはずです。