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UINavigationBarのBackボタンに対してUIBarButtonItemを用いて独自に設定を行うとエッジスワイプジェスチャーが効かなくなりますが、以下の方法で有効にできます。
FirstViewController（遷移元）からSecondViewController（遷移先）をpush、SecondViewControllerにBackボタンがある構造を前提として、
[bash]
class SecondViewController: UIViewController, UIGestureRecognizerDelegate {
・・・
override func viewDidLoad() {
super.viewDidLoad()
・・・
self.navigationController.interactivePopGestureRecognizer.delegate = self
・・・
}
・・・
}
[/bash]
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SecondViewControllerにデリゲートとしてUIGestureRecognizerDelegateを設定、viewDidLoadあたりでデリゲートインスタンスを設定します。これでOKです。