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デバッグ中に突然タイトル通りのエラーを吐き、実機で動かなくなりました（iOSシミュレータだとタイトルのエラーは吐かないけど正しく動かない状態）。Main.storyboardは存在しています。プロジェクトのターゲットにも入っています。どうやら参照がおかしくなってしまったようです。
Main.storyboardへの参照を再設定しましょう。左ペインのプロジェクトナビゲータからMain.storyboardを選択してDelete（参照の削除なのでRemove Reference）し、プロジェクトに再度Main.storyboardを追加します。が、このままでは動きません。
[bash gutter=”0″]
Failed to instantiate the default view controller for UIMainStoryboardFile ‘Main’ – perhaps the designated entry point is not set?
[/bash]
このエラーを吐いて起動できません。アプリ起動のエントリポイントになる画面が設定されていないからです。
右ペインの起動画面のAttributes inspectorにてIs Initial View Controllerにチェックを入れましょう。