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brew updateを実行したら下記のエラーになりました。
$ brew update error: The following untracked working tree files would be overwritten by merge: ・・・ Please move or remove them before you can merge. Aborting Error: Failure while executing: git pull -q origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master
リモートブランチに.gitignoreに記述しているファイルがローカルブランチ側とコンフリクトしているようです。.gitignoreから当該ファイルを対象外にすればよい気がしますが、ここではローカルブランチをリセットすることで対処します。
■前提条件
・Mac OSX Yosemite 10.10.5（14F1605）
■対処方法
一旦、リモートブランチの内容をローカルリポジトリに反映します。
$ git fetch origin
次に、ローカルリポジトリの変更を全てリセットしてリモートブランチと同じ状態にします。
$ git reset --hard FETCH_HEAD
あらためて、
$ brew update
これでうまくいきました。