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上記のようにIneligible Devicesとなり実機が選択できなくなる現象ですが、カッコ内にOS versionとあるときは、多くの場合、実機のOSバージョンをXcode(SDK)がサポートしていないことが原因です。
上記の例は、iOS8.0までサポートしていたXcode6.0.1に、iOS8.1を載せたiPhone6を接続していた場合でしたので、Xcodeを6.1にすることで解決しました。
<補足>
Ineligible Devices (deployment target)の場合は、以下を参照してください。
Xcode6で実機が認識されずにIneligible Devices (deployment target)になる場合の対処